태양계 멸망 후 천 년이 흐른 지금. 사람들은 시도니아라 불리는 인공 방주를 타고 우주를 떠돌고 있다. 동시에 시도니아를 노리는 우주 괴생물체 가우나로 인해 살아님은 인류는 매일을 생존의 위협을 받는 상황. 그때 지하 세계에서 할아버지와 살았던 타니카제는 쌀을 훔치기 위해 지상으로 나왔다가 붙잡히고 만다. 취조를 받는 상황, 그때 누군가가 나타나 신변보호를 자처했고 타니카제는 보호인을 만나러 어디론가 가게 된다. 그리고 보호인을 자처한 사람이 시도니아의 함장이라는 것을 알게 된 타니우치. 그 사실만으로도 놀라울지경인데, 타니우치는 전설의 명기 '츠쿠모리'까지 배정을 받게 된다. 모든 것이 일사천리로 진행이 되고, 몇 번의 출전 끝에 타카우치는 엄청난 성과와 함께 곧바로 정식 조종사로 임명까지 받게 된다. 그 상황을 지켜보던 시도니아의 명문가 쿠나토가의 당주 쿠나토는 명예와 명기까지 독차지하게된 타케우치에 시기심을 느끼고, 그를 수렁에 빠뜨릴 모종에 계략을 준비하게 되는데...